Une grande partie de la population vie dans des vallées car, environ 73 % du pays est constitué de montagnes, avec une chaîne traversant chacune des îles principales. La plus grande montagne japonaise est le célèbre mont Fuji (Fuji-san) culminant à 3 776 m d’altitude. Du fait qu’il existe peu de terrains plats, de nombreuses collines et montagnes sont cultivées sur toute leur hauteur.

Comme le Japon est situé dans une zone de subduction des plaques tectoniques, des volcans sont actifs, de fréquentes secousses sont ressenties dans tout le Japon. De puissants et destructeurs tremblements de terre se produisent régulièrement et peuvent créer des tsunamis. Le séisme de Kobe en 1995 fit 6 433 morts et 43 700 blessés. Le Japon enregistre environ 20 % des séismes les plus violents dans le monde. L’archipel japonais est touché par les tempêtes tropicales et les cyclones (appelés typhons), surtout entre juin et octobre. En 2004, dix cyclones se sont abattus sur le Japon, parmi lesquels Meari qui a fait 22 morts et 6 disparus. Le bilan matériel de la saison 2004 est catastrophique : au moins 155 milliards de yens (1,1 milliard d’euros) de dégâts. Les typhons les plus violents du XX ème siècle au Japon ont dévasté Muroto en 1934 (3 000 morts) et la baie d’Ise en 1959 (5 000 morts).

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